据宝庆《四明志》载，宋代将两浙市舶司在“淳化元年(909年)初置于定海县(镇海)”，以“掌蕃货、海舶、征榷、贸易之事，以来远人，以通远物”。它与杭州、广州市舶司一起，合称“三司”。运河入海口镇海逐渐确立了其北宋海上贸易中心的地位。
宋廷规定，玳瑁、象牙、犀角、珊瑚、乳香、紫矿、黄铜等十种货物为禁榷物，全部由市舶司收购，其他货物也收买一部分，称“博买”。“抽分”则是实物税收，“博买”带有强制限价收购，成为变相市舶税，“抽解”与“博买”的货物一律自定海(镇海)经由运河至临安(杭州)呈交朝廷。
清康熙二十三年(1684年)复开海禁，允许500石以下船只出海贸易。翌年，宁波设立“浙海关”，又称“监督浙海钞关”，后称“浙海常关”，掌管海上贸易和征收关税。浙海关行署下“镇海口海关”，光绪二十七年(1901年)《辛丑条约》签订后，浙海关新关兼管“镇海常关”。
镇海口：沿海南北航路之要冲
北宋诗人梅尧臣在《赠王司徒定海(镇海)监酒税》诗中描述当时镇海运河口的盛况是：“悠悠信风帆，杳杳向沧岛。南通远国多，酿过东夷少。”说明当时镇海沿海货运航线已利用季风航行。南宋时期，镇海作为南宋首都临安(杭州)对外贸易进出口的中心口岸，出现“倭人冒鲸波之险，舢舻相衔，以其物来售”的盛况。据南宋张津《乾道四明图经》载：镇海“海道辐辏，南则闽广，东则倭人，北则高句丽，商舶往来，物货丰衍，东出定海(镇海)，有蛟门虎蹲天设之险，亦东南要会也。”蛟门是指甬江运河口。
元皇庆二年(1313年)镇海港新辟至渤海湾入海河的漕运航线。明隆庆元年(1567年)，开海禁。运河口成为南北货转运中心。“北帮”营运长江以北水路，“南帮”营运长江以南水路。货运航线遍及全国沿海各主要港口。
由大运河镇海口驶往温州、福州、广州方向的航线，称为“南洋线”；驶往天津、青岛，及鲁、蜀、楚方向的航线，称为“北洋线”。南洋船以运输糖、靛青、水果、白糖、胡椒、苏木、药材、海蜇、杉木、尺板等为主。北洋线以运输杂粮、皮草、棉花、牛骨、枣子、粉丝等货。其船系沙船、弹船，自北而南抵镇海关。镇海作为江海连运的节点，常有台、温捕贩渔船，绍兴、余姚土产、棉花，自内河运至镇海，货船入甬江口，部分在镇海港停泊装卸，部分驶往宁波。
明前期及清初两次海禁，海运遭受重挫，海上贩运业很不景气。康熙开禁后，海运复苏，甬江中帆樯林立，舳舻相接，此去彼来，川流不息。甬江两岸“乡民力田者十之六七，渔于海者二三，江北岸、梅墟一带，或操舟往来南北洋。”清康熙二十三年(1684年)以后，宁波港沿海航线，北至关东、河北、山东，西入长江通达湘鄂，南及台温闽广。道光二十年(1840年)鸦片战争以后，宁波辟为“通商口岸”，门户洞开。同治四年(1865年)由镇海口通往沿海主要货运港口有：上海、香港、镇江、台湾、福州、山东、厦门方向，以及长江沿线各口岸。
嘉庆二十五年(1820年)前后，镇海有南北商业船帮二十三四家，有船四五十艘，大者四五百吨，小者一二百吨，最大八九百吨。清代咸丰同治年间，“舟楫所至，北达燕鲁、南抵闽粤，而迤西川、鄂、皖、赣诸省之物产亦由甬埠集散”，南北商号盛极一时。每年往来运河甬江航道的船只达4600余条。